Nya’nın su güçleri kontrolden çıkınca ninjalar, bu gizemi çözmek için denizin derinliklerine iner. Yaptıkları araştırmalar sonucunda, bu durumun efsanevi deniz yılanı Wojira ile bağlantılı olduğunu keşfederler. Ancak, yolculukları esnasında Wojira’yı uyandırıp dünyayı kaosa sürüklemek isteyen Prens Kalmaar ile karşılaşırlar. Ninjalar, hem Nya’nın güçlerini geri kazanmak hem de Kalmaar’ı durdurmak için zorlu bir mücadeleye girişir.
Ninjalar, Bayan Demeanor adında yeni bir suçluyu tuzağa düşürür. Nya onu durdurmak için bir su hortumu yaratır ama kontrolü kaybeder ve yakındaki köyü tehlikeye atar.
Maya, Nya'nın sorunlarını çözmek için onun hayatını kontrolü altına almaya çalışır. Bu sırada Zane ve Pixal denizden gelen bir yardım çağrısına giderler.
Nya, Jay, Zane, Pixal ve Lloyd yeni denizaltısı olan Su Ödülü'ne biner ve Nya'nın güçlerini bozan enerji sinyalini bulmak üzere yola koyulurlar.
Antik bir tapınaktan gelen güç sinyalinin Su Ödülü'nü çalıştırmanın tek yolu olduğunu fark eden Nya ve Maya, sualtı mekaniklerini kullanarak sinyalin kaynağına giderler.
Nya ve annesi Maya, yardımsever babası Kral Trimaar'ı devirmek için planlar yapan kötü kalpli Prens Kalmaar'dan kaçmaya çalışır. Bu sırada Jay, Su Ödülü'nü tekrar çalıştırmak için hayatını riske atar.
Ninjalar, Nya ve Maya'yı kurtardıktan sonra Kral Trimaar'la görüşmek için Merlopia'ya götürülür. Ancak bir ihanet yüzünden kaçak durumuna düşerler.
Ninjalar su basan saraydan kurtulur ama Yırtıcı Köpekbalıkları onların peşindedir. Prens Kalmaar'ın kardeşi Benthomaar yardıma gelir ve onları hangar alanına götürür. Çatışma çıkınca ninjalar Su Ödülü'yle kaçmaya başlar.
Benthomaar trajik hikâyesini anlatır ve Kral Trimaar'ın bebekken onu bulup öz oğlu gibi sahip çıktığı ortaya çıkar. Benthomaar büyüdükçe kardeşinin sevgisini kazanmak için çok uğraşır, ancak Kalmaar Wojira'yı bulmaya takıntılı olduğu için onunla hiç ilgilenmez.
Ninjalar, Kalmaar'ın planı konusunda uyarmak için Koruyucular Adası'na geri döner ve liderinden Kasırga Tılsımı'nı Ninjago'ya götürmelerine izin vermesini isterler. Ama bunun sonucunda şaşırtıcı bir şey öğreneceklerdir.
Ninjago Şehri'nde Wu, Cole, Kai, Ray ve Misako, Nya'nın uyarısını dinleyip, Kral Kalmaar ve askerlerinden önce Kaşifler Kulübü'ne girip Kasırga Tılsımı'nı geri almalıdır. Bu sırada Benthomaar, güçlerini yeni bir şekilde kullanması için Nya'yı cesaretlendirir.
Kalmaar, Kasırga Tılsımı'nı ele geçirmek için Ninjago Şehri'ne saldırır ve ninjalarla karşı karşıya gelir. Ancak bu sırada tılsım, beklenmedik bir şekilde azimli bir gazete dağıtıcısı kızın eline geçer.
Benthomaar, Nya'ya Nyad'ın hikayesini anlatır. Bu esnada Wu, Kai, Cole, Ray ve Misako, Kral Kalmaar'ın Kasırga Tılsımı ile şehirden kaçmasını engellemeye çalışır.
Kalmaar sonunda Wojira'yı uyandırır ve Ninjago'ya doğru yola çıkar. Ninjago Şehri'nde Glutinous, sudan çıkıp ninjalar için korkunç bir uyarıda bulunarak Kalmaar'ın Wojira'yı uyandırdığını ve şehre doğru geldiklerini söyler.
Ninjago Şehri'ne gelen Kalmaar ve Wojira, şehri sular altında bırakan bir tsunami yaratır ve ninjalar, harekete geçerek geride kalan herkesi kurtarır. Bu esnada Jay'in denizaltı arabası hasar görür ve dibe batar. Nya ise, Kalmaar'la yüzleşmek için harekete geçer.
Ninjalar, Wojira tarafından yenilgiye uğratılır. Benthomaar tarafından su altından kurtarılan Jay, çok fazla su yuttuğu için kötü durumdadır. Bunun üzerine Nya, arkadaşlarını ve şehrini kurtarabilmek için geri dönüşü olamayacak bir karar almayı düşünür.
Prens Kalmaar ve Wojira, Nya ile savaşırken, Benthomaar ve diğer ninjalar savaşa müdahale eder. Sonunda Kalmaar'ın öfkesi Wojira'yı sinirlendirir. Tam ninjalara saldıracakken, Nya cesurca hareket ederek Wojira'ya karşı saldırır ve büyük bir fedakarlık yapar.