Zane'i kaybettikten sonra ninjalar hala bir takım olup olmadıklarını sorgularlar. Ancak Elementler Turnuvası'na katılmaları için gizemli bir davet aldıklarında, Zane'in hayatta ve iyi durumda olabileceğine dair bilgi edinirler. Böylece kahramanlarımız eski dostlarını kurtarmak için harekete geçerler.
Ninjalar, Elementler Turnuvası'na katılmak için bir davet aldıklarında kendilerine Zane'in hayatta olabileceğine dair bir ipucu ulaşır ve daveti kabul ederek arkadaşlarını kurtarmak için Usta Chen'in Adasına giderler.
Lloyd, babasının gençlik yıllarında Usta Chen'in yanında eğitim gördüğünü öğrenirken, ninjalar ise düzenbaz Usta Chen ile karşılaştıklarında 'yalnızca birinin hayatta kalabileceği' bir turnuvada olduklarını fark ederler.
Ninjalar, Zane'i bulmak için turnuvaya devam eder, ancak Chen işleri değiştirerek Jay ile Cole'u karşı karşıya getirir ve işler daha da karmaşık bir hal alır.
Chen herkesi saçma bir paten yarışında karşı karşıya getirir ve tüm yarışmacılar ninjalara karşı birlik olur. Böylece ninjalar, Lloyd'un turnuvaya devam edebilmesi için yeni bir müttefikten yardım almalıdır.
Ninjaların element ustalarından oluşan gizli bir ittifakı vardır. Cole, Zane'i bulmuştur ve Nya, hizmetçi kılığında Chen'in nasıl bir hain olduğunu öğrenmek için casusluk yapmaktadır.
Lloyd, Chen'in herkesin gücünü çalma planını öğrenir, böylece bir büyüyü tamamlayıp kendisine tapan insanları Anacondrai'ye dönüştürerek Sürüngenler Savaşı'nın geri dönüşünü mümkün kılabilecektir.
Kalan yarışmacıların güçlerini çaldıktan sonra Chen'in büyüyü tamamlamak için sadece Lloyd'un gücüne ihtiyacı vardır. Kızının Kai'a karşı hisleri olduğunu bilen Chen, ailesiyle ilgili sırları paylaşma sözü vererek Kai'ı yanına çekmeye çalışır. Bu sırada Lloyd ninjaları kurtarmaya çalışır ve Chen ile bir hesaplaşma içerisine girer.
Chen, Sürüngenler Savaşı'nın geri dönüşünü sağlayamamıştır ancak Clouse başka bir yol olduğunu, kızının güç emebilme yeteneğine sahip olduğunu ve böylece töreni tamamlayabileceğini söyler. Skylor sonunda babasının nasıl birisi olduğunu anlar ve ninjalara bir yardım çağrısı göndermeyi başarır.
Chen'in büyüsü tamamlandığında, dönüşümü tamamlamak için tek bir malzemeye ihtiyacı vardır: gerçek bir Anacondrai'nin özü.
Ninjalar ve Element Ustaları, Chen'in Anacondrai ordusuna karşı son direnişlerini yapabilecekleri Büyükler Koridoru adında stratejik bir yer olduğunu keşfeder... Ancak güçleri onlarla baş etmek için yetersizdir. Neyse ki Pythor, Chen'in elinden kurtulur ve Büyü Kitabı'nda savaşı durdurabilecek bir büyü olduğunu fark eder.