Anma Günü'nden sonra Usta Wu, yıllar önce yarım kalan bir savaşı bitirmek için eski düşmanı Acronix’i bekler. Acronix, Zaman Yumruğu ile Wu'ya vurur ve hızla yaşlanmasına neden olur. Bu sırada, yıllardır Dr. Saunders kılığında saklanan ikiz kardeşi Krux ortaya çıkar ve yıllardır büyüttüğü yılan ordusunu harekete geçirir. Wu'nun durumu kötüleşirken, ninjalar Zaman İkizlerini durdurmak ve kayıp zaman kılıçlarını bulmak için mücadele ederler.
Usta Wu, 40 yıl önce Zaman İkizlerine karşı başlattığı savaşı tek başına tamamlamaya çalışır. Ancak zamanı hızlandırma gücüne sahip bir silah olan ilk Zaman Kılıcı'nın gelişi, ninjaları Wu'yu kaçınılmaz sondan kurtarmak için tam zamanında manastıra gönderir.
Ninjalar, Zamanın Elleri olarak bilinen Krux ve Acronix hakkında daha fazla şey öğrenir ve bu tehdidin nihayet ortadan kalktığından eminlerdir. Ancak Wu'nun Zaman Yumruğu'nun etkilerinden zarar görmesiyle, ninjalar yeni bir düşman keşfederler: Vermillion Savaşçıları. Ve ninjaların onları kimin kontrol ettiğine dair hiçbir fikri yoktur.
Kai'ın Vermillion Başlığı'nı araştırması, Krux'un Ninjago'da olduğunu ve sahte bir kimlikle yaşadığını öğrenmesine yol açar. Bu sırada, Vermillion Savaşçıları insanları kaçırmaya devam ederken, Nya Vermillionlar ile olan mücadelede devre dışı kalan Zane'i yeniden başlatmak için elinden geleni yapar.
Vermillion Savaşçıları tarafından gerçekleştirilen gizemli metal hırsızlığı saldırısının ortasında Lloyd, hasta olan Usta Wu'nun yerine geçmenin kolay bir iş olmadığını fark eder.
Ninjalar, Eğlence Parkı'nı korumak için çabalarken, Jay de ailesinin yaşadığı yeri Vermillion Savaşçıları'ndan korumak için mücadele eder. Ancak zamanı yavaşlatma özelliğine sahip Zaman Kılıcının gelişi, ninjaların yılanlar onu ele geçirmeden önce kılıca ulaşmak için zorlu bir çaba gösterir.
Ninjalar, Vermillion Ordusu'ndan kurtulmaları ve Zaman Kılıcı'nı geri almalarını kutluyordur. Ancak Acronix ve Krux'un kılıcı geri almaya kararlı olmasıyla Airjitzu Tapınağı bir savaş alanına dönüşür.
Nya, sahte Samuray X ile yüzleşirken, Kai'ın ailesi hakkındaki gerçeğin peşine düşmesiyle bazı sırlar açığa çıkar. Diğer ninjalar umutsuzca Usta Wu'nun yerini bulmaya ve onu kurtarmaya çalışır. Ancak her zamanki gibi, bazı cevaplar sadece daha fazla soruya yol açar.
Kai, Zamanın Elleri’ne yardım ettiğini sandığı babasıyla yüzleşir, ancak aslında anne ve babasının Acronix ve Krux tarafından esir tutulduğunu öğrenir. Bu sırada, ninjalar Wu, Cyrus Borg ve diğer esirleri kurtarmaya çalışırken, zamanı durdurma gücüne sahip üçüncü Zaman Kılıcı ortaya çıkar.
Zamanın Elleri, Kai ve Nya'yı Kaynayan Deniz'den dördüncü ve son Zaman Kılıcı'nı almaları için tehdit eder. Bu esnada ninjalar ve Cyrus Borg, Zamanın Elleri'nin zamanda yolculuk yapabilen aracını çalıştırmadan önce yok etmek için mücadele eder. Tam bu sırada, Samuray X'ten beklenmedik bir yardım alırlar.
Kai ve Nya, Usta Wu'yu kurtarmak için Krux ve Acronix'in zamanda yolculuk yapabilen aracına gizlice binerler. Ancak geçmişe gittiklerinde, Element Ustaları'na yardım ederek Zamanın Elleri'nin Ninjago'nun geleceğini değiştirmesini engellemeleri gerekir.