Lloyd'u kurtarmak için destansı bir göreve çıkan Ninjalar, Lanetli Diyar'dan gelen ve tüm Ninjago'yu lanetlemeye çalışan bir düşman olan The Preeminent'i serbest bırakmalarını engellemek için hayaletlerle savaşırken aynı zamanda keşfedilmemiş topraklara seyahat edecek, yeni müttefiklerle tanışacak ve bilinmeyen güçlerin kilidini açacaktır.
Wu emekliye ayrılması sonucunda bir çay dükkânı açar ve ninjalardan dükkânın reklamını yapmalarına yardım etmelerini ister. Bu sırada yalnız başına bir göreve gitmesi istenen Lloyd, görevin Lanetli Diyar'dan kaçan Morro adlı lanetli bir ruh tarafından kurulan bir tuzak olduğunu fark eder.
Morro ninjaları kovalayıp Wu'nun asasını çaldığında, Wu Morro'nun hikâyesini anlatmaya karar verir. Böylece ninjalar, Wu'nun çalınan asasının onları gizemli bir tarihi eserin bulunduğu İlk Spinjitzu Ustasının Mezarı'na ulaşmalarını sağlayacak harita olduğunu keşfederler. Bundan böyle Ninjago'nun kaderi onların elindedir.
Ninjalar, Airjitzu'nun parşömenini çalan hırsızı bulmak için Stiix Köyü'ne giderler ancak Ronnin parşömeni ucuza satmaya istekli değildir, bu yüzden Ninjalar iskelede para kazanmanın bir yolunu bulmalıdır. Yeterince para kazanamayan Ninjalar parşömeni çalmaya karar verirler ancak Morro ve hayaletler tam zamanında gelir.
Ninjalar, Sensei Yang'ın perili tapınağındaki hayaletten Airjitzu öğrenmenin başka bir yolunu öğrenirler ama bir tehlike vardır: Güneş doğana kadar tapınakta kalırsanız hayalete dönüşürsünüz. Bu sırada, bir su ninjası olduğuna inanan Nya, Ronnin'i Samuray X mağarasına götürmek için eğitimini yarıda bırakır... Ancak Morro ile yeniden karşılaşır.
Artık ninjalar Airjitzu'yu bildiğine göre, mezarı bulmanın bir sonraki aşamasının sadece Ağlayan Alpler'in zirvesinden ulaşılabilen Bulut Krallığı'ndan ''Tapınak Kılıcı''nı almak olduğu konusunda talimat alırlar. Ninjalar, kar fırtınası koşullarında dağın zirvesine çıkmak için mekanik araçlarını kullanarak tehlikeli bir göreve çıkar.
İnsanların kaderlerinin yazıldığı bir diyar olan Bulut Krallığı'nda, Ninjalar güçlü bir eser olan Tapınak Kılıcı'nı almak zorundadır. Bu kılıç İlk Spinjitzu Ustası'nın mezarını çevreleyen tuzakları görmelerini sağlayacaktır. Ancak Bulut Krallığı'nda ihanete uğrayan ninjalar, Tapınak Kılıcı için Morro'yla savaşır ve en nihayetinde onun Diyar Kristali'nin peşinde olduğunu öğrenirler.
Ninjalar artık İlk Spinjitzu Ustası'nın mezarına ulaşmak için ihtiyaç duydukları tüm parçalara sahiptir ancak mezarın yerini gösteren son bilmeceyi çözmeye yaklaşırken Ronin, Morro'ya ruhu karşılığında vermek üzere kılıcı çalar ve ninjalar onu durdurmaya çalışır.
Ninjalar, okyanusun altındaki bir su altı mağarasında bulunan güçlü Diyar Kristali'ni almak için İlk Spinjitzu Ustası'nın mezarına gider. Ancak Morro'nun çoktan orada olduğunu öğrenen ninjalar, mezara ilk önce ulaşmak için çaresizce tuzakları aşmak zorunda kalırlar.
Morro, Diyar Kristali'ni Lanetli Diyar'a bir portal açmak için kullanınca, hayaletler kasabayı ele geçirir. Ancak kılık değiştiren ninjalar, Lloyd'u kasabanın merkezine götürmeyi başarır ve Lloyd kristali çalar. Ancak Preeminent geldiğinde artık çok geç olduğunu fark ederler.
Hayaletler bir araya gelip Preeminent'i devasa bir dev haline getirirken, Ninjalar Airjitzu'yu kullanarak hareket halindeki canavarla savaşıp onu yavaşlatmaya çalışırlar. Bu sırada Lloyd, Morro'yla karşı karşıya gelerek Diyar Kristali için mücadele eder. Ve Nya, Preeminent'i alt etmek için gerçek potansiyelini ortaya çıkarır.