Son zaferlerinin ardından ninjalar, biraz dinlenmek ve toparlanmak için gizemli bir piramidi keşfetmeye karar verirler. Ancak yanlışlıkla çok eski bir kötülüğü uyandırınca, karşılaştıkları kaosla başa çıkmak için hazırlıksız yakalanırlar. Artık Ninjago'yu koruma sorumluluğu bir kez daha onların omuzlarına yüklenir. Kahramanlarımız, hem arkadaşlarını Buz İmparatoru'ndan kurtarmak hem de Ninjago'yu korumak için zorlu bir mücadele vermek zorundadır.
Ninjalar, Onilere karşı kazandıkları zaferin ardından rahat ve tembel bir hale gelir. Bu süreçte iyice formdan düşerler. Ancak Usta Wu onlara gerçekte kim olduklarını hatırlatır. Böylece ninjalar yeni bir göreve çıkmaya karar verirler.
Zayıfladıklarını fark eden ninjalar, Spinjitzu becerilerini yeniden geliştirmek için bir arayışa girerler. Ne yazık ki, Ninjago Şehri her zamankinden daha sakin ve huzurlu bir dönemden geçmektedir.
Ninjalar aradıkları macerayı bulmuştur. Şimdi tek yapmaları gereken oraya ulaşmaktır. Bu yolculukta dev bir böceğin yaşadığı Felaket Çölü'nden geçmeleri gerekecektir.
Ninjalar, Kara Hazinesi aracını tamir edebilmek için dev bir böceğin yuttuğu önemli bir motor parçasını geri almak zorundadır.
Ninjalar, Clutch Powers ile bir araya gelerek gizemli bir piramide girerler ve burada farkında olmadan çok eski bir kötülüğü serbest bırakırlar.
Küçük Nelson, gazete dağıtıcısı olarak işe başlar ama Ateşten Yılanlar ve bir cadının istilası altındaki bir şehirde epey zorlanacaktır.
Ninjalar kendilerini bir piramitte mahsur kalmış halde bulurlar ve yaklaşan lavlardan kaçarak Ninjago Şehri'ni yeni bir Yılan istilasına karşı uyarmak zorundadırlar.
Ninjago Şehrine yapılan Yılan saldırısı, haber spikeri Gayle Gossip ve kameramanı tarafından canlı olarak yayınlanır.
Ninjalar, aceleyle Ninjago Tarih Müzesi'ne giderler ve orada tehlikeli bir parşömeni Yılan Cadı Aspheera'nın eline geçmesine engel olmaları gerekir.
Aspheera kendisine ihanet eden Hain Sahtekar'dan intikam alma planları yaparken, ninjalar da çok şaşıracakları bir şey öğreneceklerdir.
Usta Wu, çocukken Genç Garmadon'la birlikte Aspheera ile nasıl tanıştıklarını ve ona Spinjitzu'nun sırlarını nasıl öğrettiğini anlatır.
Usta Wu'nun “Hain Sahtekar” olduğunu öğrenen ninjalar, manastırdayken kuşatıldıklarını fark ederler. Wu'yu Aspheera'nın saldırısından korumaları gerekecektir.
Ninjalar, Yasak Spinjitzu Parşömeni'nin ikincisini ele geçirmek için gizlice Kaşifler Kulübü'ne girerler. Burada kulübün müdürü ile öfkeli kulüp üyeleriyle uğraşmaları gerekir.
Aspheera Spinjitzu Manastırı'na gelerek Usta Wu ile karşı karşıya gelince ninjalardan biri kahramanca bir fedakârlık yapmak zorunda kalır.
Usta Wu, bir kurtarma operasyonuna hazırlanır ama Lloyd ve diğer ninjalar, sorunu kendi başlarına çözmeye karar verirler.
Dönülmez Ülke'ye gelen ninjalar, burada kendilerini kısa sürede çaresiz halde bulurlar. Neyse ki, buz balıkçılarından oluşan bir kabile onlara yardım eder.
Buz İmparatoru, ninjaların geldiğini öğrenir ve onları ve onlara evlerini açan köylüleri yok etmeleri için Buz Samuraylarını gönderir.
Buz İmparatoru'nun gönderdiği Buz Samuraylarının saldırısından kaçan Lloyd, beklenmedik bir dostluk kurduğu tuhaf bir kurt tarafından kurtarılır.
Ninjago Şehri'nde üç suçlu, ninjaların orada olmadığını öğrenince Kryptarium Hapishanesi’nden firar etmeye hazırlanır. Bu sırada nasıl yakalandıklarıyla ilgili hikâyeler uydururlar.
Lloyd ve kurt arkadaşı, bir mağaraya sığınırlar ve burada aradıkları aracı bulurlar. Aynı zamanda, Zane'den gelen bir mesajla karşılaşırlar. Bu mesaj, Zane'in neler yaşadığını anlamalarına yarayacak önemli bir ipucu içerir.
Gezgin Çayı'nı kaybettiği için vicdan azabı çeken Cole, efsanevi Gezgin Ağacı'nı bulma umuduyla yakınlardaki bir dağın tepesine doğru tehlikeli bir maceraya atılır. Bu ağacın korkunç bir canavar tarafından korunduğu söylenmektedir.
Cole, canavarın yaşadığı buzla kaplı mağarada uyanınca kaçmaya çalışır ama canavarın ona zarar vermek istemediğini fark eder. Canavar, Cole'a Gezgin Ağacı'nın nerede olduğunu gösterir ve onu bulurlar.
Buz İmparatoru, Lloyd'a ve kurt arkadaşına saldırması için bir buz devi gönderir. Ancak kurt yaralanır, bu yüzden Lloyd onu güvenli bir yere götürür ama hiç beklenmedik bir şekilde bir sırrı açığa çıkarır.
Akita, kendi hikayesini ve erkek kardeşi Kataru'yla birlikte hayvan formlarını bulabilmek için nasıl yaban hayata gittiklerini ve köylerine ne olduğunu anlatır.
Buz İmparatoru'nun korkunç Buz Ejderhası, yeniden harekete geçer ve Köyü yakıp yıkarak ninjaları Lloyd'un peşine düşmeye zorlar. Bu esnada Lloyd ve Akita Zane'i bulmak için yolculuklarına devam ederler. Ancak Buz Ejderhası tarafından yolları kesilir.
Ninjago Şehri'nde Wu ile Pixal, Dönülmez Ülke'nin yerini bulmaya çalışırken yanlışlıkla Göçmüşler Diyarı'ndaki korkunç bir yaratığı serbest bırakırlar. Artık Pixal onu Göçmüşler Diyarı'na geri göndermek zorunda.
Düşmanlarından intikam almak isteyen Vex, Dönülmez Ülke'ye gelen ve hafızasını kaybeden Zane'i Buz İmparatoru olduğuna inanması için kandırır. Zane, Vex'in düşmanlarını cezalandırmak için Yasaklı Spinjitzu Parşömeni'ni kullanır ve Dönülmez Ülke'yi ele geçirerek onu sonsuz bir kışın etkisi altına sokar.
Zane'in kaderiyle ilgili korkunç gerçeği öğrenen Lloyd, onun geçmişini hatırlamasına yardımcı olmaya çalışır. Ancak Vex, Zane'i onun yalancı olduğuna inandırır ve bu durum Lloyd'un zindana kapatılmasına sebep olur. Bu sırada diğer ninjalar kurtların saldırısına uğrar, fakat Kara Hazinesi'ni bulup tamir ederek kurtulmayı başarırlar.
Nya, Jay, Cole ve Kai, Ejderha ile mücadele ederken, Lloyd da Buz İmparatoru ile yüzleşir. Bu sırada Kataru ve Grimfax, Buz Savaşçıları'nın Lloyd’a ulaşmasını engellemeye çalışır.
Lloyd, Zane'in anılarını geri kazanmasına yardım eder. Akita, Kataru ile yeniden bir araya gelir ve tüm ninja ekibi yeniden bir araya gelir. Ardından Ninjago'ya geri dönerler.