Bilinmeyen bir suç örgütü Kraliyet Ailesi'ni tehdit edince, ninjalar yeniden göreve çağrılır. Kraliyet prensesini ve doğaüstü güçlere sahip olabilecek efsanevi bir tarihi eseri korumak zorundadırlar.
Lloyd, cesur Prenses Harumi ile arkadaş olur. Ancak saraya yapılan korkunç bir saldırı, Garmadon'un Oğulları'nın ikinci Oni Maskesi'ni çalmasına ve Harumi'nin ailesini kaybetmesine neden olur.
Prenses Harumi ninjalarla birlikte yaşamaya alışmaya çalışırken, Lloyd ve Jay Oni Maskeleri hakkında cevaplar ararlar. Cole ve Zane ise yakalanan bir çete üyesini sorgulayarak Garmadon'un Oğulları'na sızmaya çalışır.
Zane, Garmadon'un Oğulları'nın gizli üssüne götürülür ve burada onların liderleri hakkında bilgi edinir. Bu sırada Lloyd çetenin gerçek amacını keşfeder.
Ninjalar, Zane'in ele geçirdiği bir mesajın Garmadon'un Oğulları'nın lideri Sessiz Olan'ın gizemli konumunu ortaya çıkar.
Lloyd ve Harumi üçüncü Oni Maskesi'ni aramak için ormanın derinliklerine inerken, ninjalar Bounty'i tamir etmeye çalışır ve şaşırtıcı bir şey keşfederler.
Lloyd ve Harumi Oni Tapınağı'nda kalan son maskeyi ararken ninjalar rehin alınır ve Prenses Harumi'nin gerçek niyetini öğrenirler.
Ninjalar, Lloyd'u kurtarmaya yardım etmek ve Harumi'nin kötü Lord Garmadon'u diriltme çabalarını engellemek için Ninjago'nun polis komiserine başvurur.
Lord Garmadon Ninjago'ya geri döner ve Harumi'yi serbest bırakır. Bu da onu her zaman yoluna çıkan tek şeyi, oğlu Lloyd'u alt ederek gerçek potansiyeline ulaşması için cesaretlendirir.
Ninjalar Lloyd'u kurtarmak için mücadele ederken, her zamankinden daha güçlü olan Lord Garmadon, Ninjago'yu yönetmesine ve ninjaları yenmesine yardımcı olması için devasa bir Dev yaratır.