Lord Garmadon Yeraltı Dünyası'ndan çıktığından beri Ninjago huzur içinde yaşamaktadır, ama genç ninjalar giderek tembelleşmektedir. Garmadon gölgelerde gizlenip saldırmak için doğru anı beklerken, ninjalar onun küçük oğlu Lloyd ile karşılaşır ve Lloyd'un dikkatsizliği Ninjago'nun üzerine yeni bir düşman salar: Kötü Yılan kabileleri. Yılanların lideri Pythor, her şeyi tüketen efsanevi yılan Büyük Yok Edici'yi geri getirmek için şeytani bir plan yapar.
Ninjago'da huzur hakimdir ve ninjalar artık rahattır. Ancak Lord Garmadon’un geri döndüğünü duyunca yeniden harekete geçerler. Çok geçmeden bunun aslında Garmadon’un yaramaz küçük oğlu Lloyd olduğu anlaşılır. Başta onu ciddiye almazlar, ancak Lloyd yanlışlıkla kötü yılan kabilesini uyandırdıktan sonra bu kararlarından pişman olurlar.
Ninjalar, Lloyd ve Hypnobrai'nin yaklaşan tehdidiyle eğitim moduna geri dönerler. Bu sırada Zane, bir şahinin peşine düşer ve başını belaya sokar. Ninjaların geri kalanı ona yardım etmek için manastırdan ayrılır ve geri döndüklerinde yılanların manastırı yerle bir ettiğini görürler.
Lloyd kontrolü yeniden ele geçirmek için ikinci bir yılan kabilesi olan Fangpyres'in kilidini açar. Ninjalar, Zane'in keşfettiği yeni karargâhlarını kurmakla meşguldür, ancak Fangpyres Jay'in ailesinin yaşadığı yere saldırınca işler değişir.
Fangpyres, Hypnobrai ile güçlerini birleştirdikten sonra Lloyd, Anacondrai kabilesinin kalan son yılanı Pythor'u serbest bırakır. Ancak Pythor, Lloyd'u etkisi altına alır ve ondan geriye kalan yılan kabilelerinin nerede yaşadığını gösteren haritasını çalar.
Lloyd ev işlerine yardım ederek iyi davranmaya çalışır ama işleri daha da kötüleştirir. Pythor Vipoidleri ve Constrictaur'ları uyandırmıştır. Bunun üzerine Ninjago bir yılan ordusu tarafından tamamen istila edilir. Gizemli bir Samuray ortaya çıkıp günü kurtardığında ninjaların durumu pek iyi değildir.
Pythor kendini, tüm Ninjago'yu yerle bir edecek olan Büyük Yok Edici'yi yeniden uyandıracak olan seçilmiş kişi ilan eder. Çok geçmeden Lloyd'un yılan kabileleri tarafından yakalandığı ortaya çıkar. Ninjalar onu kurtarmak için Kayıp Şehir Ouroboros'a giderler.
Ninjalar, şahini takip ederken, Zane'in geçmişiyle ilgili büyük bir sırrı öğrenirler. Zane, ölen babasının söylediği gibi kendilerini koruyamayanları korumak için tasarlanmış bir nindroiddir. Geçmişinin ortaya çıkması Zane'in gerçek potansiyelini açığa çıkarmasını sağlar. Bu sırada Usta Wu, Lord Garmadon'u bulmak için Çılgınlık Diyarı'na gider.
Jay ve Nya, ilk randevularını kısa kesmek zorunda kalır çünkü yılanlar, Büyük Yok Edici'yi uyandırmak için gereken dört Diş Bıçağı'ndan ilkini aramaya başlamıştır. Dahası, Jay elini bir yılanın dişine batırmıştır ve bir yılana dönüşmeye başlamıştır. Bir süre sonra gerçek potansiyelini ortaya çıkaran Jay, Nya'yı kurtarır ve dönüşümün üstesinden gelir. Nya ise Samuray X kimliğini herkese açıklar.
Dört ninja, diş bıçaklarından birisinin içinde saklı olduğu Diş Kupası'nı kazanmak için kılık değiştirerek yetenek yarışmasına katılırlar. Bu esnada Cole, ünlü bir dans grubu olan Kraliyet Demircileri'nin lideri olan babasıyla karşılaşır. Bir noktada Cole kupayı çalmayı düşünür, ancak babası tarafından azarlanır ve sahneye çıkıp kupayı kazanarak babasını gururlandırmaya karar verir.
Lord Garmadon, Lloyd'u kurtarmaya yardım etmek için ninjaların yanına yerleşince, ninjalar şüphelenir. Ancak Ateş Tapınağı'nın kalbinde üçüncü Diş Bıçağı'nı ararken Lloyd'u Yılanlardan kurtarmak için birlikte çalışmaları gerektiğinin farkına varırlar. Kai, gerçek potansiyelini ortaya çıkarır ve Lloyd'u kurtarır.
Pythor dördüncüyü almaya giderken, Lloyd'un önerisiyle diğer üç Diş Bıçağı'nı geri almaya karar veren ninjalar, yılanların sığınağına sızmaya çalışır ama bir tuzağa düşerler. Lloyd'un kurtarma görevi planlandığı gibi gitmeyince, onlara yardım edebilecek tek bir kişi kalır: Lord Garmadon.
Ninjalar, Pythor'un Büyük Yok Edici'yi uyandırmasını engellemek için Kayıp Şehir Ouroboros'a doğru yola çıkar ancak işler pek planladıkları gibi gitmez...
Ninjalar, Ninjago'yu kurtarmak için umutsuz bir çabayla, her yeri yerle bir eden Büyük Yok Edici'yi yenmek için savaşmak zorunda kalırlar.