Ninjalar, Prenses Vania'nın doğum gününü kutlamak için Shintaro Krallığı'na davet edilir. İlk bakışta şehir el değmemiş bir yer gibi görünse de, ninjalar çok geçmeden karanlık, gizemli ve uzun zamandır unutulmuş bir yeraltı dünyası olan Shintaro Zindanları'nı keşfeder. Ninjalar, Kafatası Büyücüsü tarafından yönetilen tehlikeli ve tuhaf yaratıklarla dolu tünellerde özgürlüğe giden yolda savaşmak zorundadır.
Ninjalar, efsanevi Shintaro Krallığı'ndaki Prenses Vania'nın doğum gününe davet edilir ve Shintaro'ya doğru yola çıkarlar. Ancak Shintaro'nun etrafındaki dağlarda yaşayan korkunç yarasalar tarafından saldırıya uğrarlar.
Shintaro'da Cole, annesine ait olan bir kolye takan bir yaratık tarafından saldırıya uğrar. Bunun üzerine Prenses, Cole'u bir yeraltı tüneline götürür ve burada Kafatası Büyücüsü tarafından yaratıkların zorla çalıştırıldığı bir yeraltı madenine rastlarlar.
Ninjalar, Cole'u kurtarmaya çalışır ancak diğer tutsakların tartışması yüzünden Kafatası Büyücüsü durumdan haberdar olunca onlar da esir düşer.
Ninjalar, Kafatası Büyücüsü'nün tutsaklığından kurtulmak için Munce ve Geckle halklarını aralarındaki güvensizliği bir kenara bırakarak iş birliği yapmaya ikna etmek zorundadır.
Diğerlerinden ayrı düşen Nya, Jay ve Lloyd, Murt adındaki bir Munce'ı takip ederek dağların derinliklerine gider ve burada Munce Kraliçesi ile tanışırlar.
Kai ve Zane, bir grup Geckle ile karşılaşır. Ancak onların Kafatası Büyücüsü ile birlik olduğundan şüphelenen Geckle'lar, ikiliyi liderleri Başkan Gulch'a götürür.
Diğerlerinden ayrı düşen Cole, içgüdülerine güvenmeli ve Kral Vangelis'i tehlikeli Kafatası Büyücüsü konusunda uyarmak için yeryüzüne giden yolda doğru seçimleri yapmalıdır.
Prenses Vania, düşmekte olan Usta Wu ve Cole'u kurtarmaya çalışır. Ancak kanatlarında çok fazla ağırlık olduğu için hepsi birden dağın derinliklerine düşerler.
Dağa düştükten sonra hayatta kalmayı başaran Cole, Wu ve Prenses Vania, farklı tiplerin bir arada olduğu Lowly'ler adında bir grup insanla arkadaş olurlar.
Cole, kaçılması imkansız olan Kaya Dibi'nden bir çıkış yolu bulmak ister. Lowly'ler, Prenses Vania ve Usta Wu onu takip eder ama çabaları her seferinde sonuçsuz kalır.
Nya ve Kai, kendilerine karşı planlar yapan ortak düşmanları Kafatası Büyücüsü'nü yenmek için Munce ve Geckle kabilelerini birleştirmeye çalışırlar.
Bir lav canavarı tarafından takip edilen Cole, Prenses Vania, Wu ve Lowly'ler, Shintaro Dağı'nın derinliklerindeki gizemli bir tapınağa varırlar.
Keder Getiren'den kaçmak zorunda kalan ninjalar, Geckle'lar ve Munce'lar, bir mağaraya sığınırlar. Kafatası Büyücüsü, eğer ninjaları teslim ederlerse Munce ve Geckle'ların yaşamasına izin vereceğine dair söz verir.
Cole, Lowly'ler, Prenses Vania ve Wu, gücünü Element Enerjisi'nden aldığını öğrendikleri taş mekaniğini kullanarak dağdan çıkmak için bir yol açarlar.
Cole ve yeni ismiyle Upply'ler, sonunda Kafatası Büyücüsü'nün kalesine varır. Burada kafeste tutulan ninjalar ile tekrardan mahkum olarak çalıştırılan Geckle ve Munce'lar ile karşılaşırlar.
Cole ve Kafatası Büyücüsü karşı karşıya gelirken, Plundar ise savaşa katılabilmeleri için ninjaları kafesten çıkarır. Bu sırada Cole, Spinjitzu Patlaması sayesinde Kafatası Büyücüsünü yenerek Shintaro'ya yeniden barış getirir ve Prenses Vania kraliçe olarak tahta geçer.