Prime Empire adlı bir video oyunu, gizemli bir şekilde oyuncuları içine çekmeye başlayınca, ninjalar kendilerini beklenmedik bir maceranın içinde bulur. Jay'in ortadan kaybolmasıyla ninjalar, arkadaşlarını kurtarmak için bu tehlikeli sanal dünyaya girmek zorunda kalır. Oyunun ardındaki karanlık güçle yüzleşirken, ninjalar hem cesaretlerini hem de dostluklarını sınayan bir maceraya atılır.
Ninjaların bir soygunu araştırırken keşfettiği, piyasaya hiç sürülmemiş efsanevi bir video oyunu birdenbire Ninjago'daki tüm diğer oyunların kontrolünü ele geçirir.
Ninjalar, Jay'in ortadan kaybolması ve Prime Empire arasındaki bağlantıyı keşfeder ve sorularının cevaplarını oyunun yaratıcısı Milton Dyer'dan almak için Dyer Adası'na giderler.
Cyrus Borg, Prime Empire ile ilgili şaşırtıcı bir sırrı keşfeder. Ninjalar ise on üçüncü seviyeye ulaşmaya çalışırken hapishane kaçkınlarıyla mücadele eder.
Artık Prime Empire oyununun içinde olan ninjalar, Jay'i bulmaya ve Kırmızı Vizörler ordusundan kaçmaya çalışırken kendilerini hiç bilmedikleri bir yerde bulur.
Oyun bölgelerinden birinde, Okino adında bir Samuray, bir dizi oyuncuyu zafere ulaştırmakta defalarca başarısız olunca inanç sorunuyla karşı karşıya kalır ve tüm umudunu yitirir. Ta ki tanıdık ninjalar gelene kadar.
Ninjaların Unagami'yi durdurmak için ele geçirmesi gereken üç Katana'nın ilki, Prime Empire'ın en tehlikeli oyun alanlarından biri olan Terra Karana'da gizlidir.
Unagami'nin Kırmızı Vizörleri tarafından kovalanan ninjalar, Histeri Uçurumu'na tırmanmak zorunda kalırlar. Bu esnada Unagami'nin gerçek dünyaya açılan bir geçit inşa etmek için oyuncuları enerji küplerine dönüştürdüğünü keşfederler.
Hala Terra Karana adlı oyun alanında olan samuray Okino, dostları ninjalara yardım etmek ya da efendisi Unagami'nin emirlerine itaat etmek arasında bir seçim yapmak zorundadır.
Ninjalar, ikinci Katana'yı ele geçirmenin tek yolunun Terra Technica'daki bir yarışı kazanmak olduğunu öğrenir ve yarış arabası bulmak için her yolu denerler.
Ninjalar acımasız Beş Milyarıncı Otoban yarışına hazırlanırken Lloyd, belki de sayesinde zafere ulaşabilecekleri Yedi adlı bir yarış sürücüsüyle tanışır.
Unagami'nin askerleri Kırmızı Vizörler, sonunda Scott'ın garajının gizli konumunu keşfeder ve burada ninjalara karşı bir saldırı gerçekleştirir.
Ninjalar, kaybettikleri arkadaşlarının yasını tutmaya bile vakit bulamamışken Terra Domina'nın kaosuyla uğraşmak zorunda kalır.
Ninjago Şehri'nde Zane ve Pixal, Milton Dyer'ın izini sürmek için arka sokaklara dalar. Ancak hiçbir şeyin göründüğü gibi olmadığını keşfederler.
Mechanic tarafından kaçırılan Zane, Unagami ile yüzleşir. Pixal ise Prime Empire'ın nasıl kapatılacağını öğrenmek için Milton Dyer'ı bulur.
Jay, son oyunda Unagami'ye karşı tek başına müadele etmek zorundadır. Ancak kendi kimliğiyle ilgili gerçeklerle yüzleşen Unagami, daha büyük bir mücadele içindedir.
Unagami gerçek dünyaya girip Ninjago Şehri'nde etrafa korku salınca Jay, Zane ve Pixal onu yaratıcısı Milton Dyer ile yeniden bir araya getirerek büyük bir felaketi önlemeye çalışır.