Ninjalar, son maceralarının ardından Ninjago Şehri'ne geri döner. Ancak şehirde her türlü yaramazlık ve kaos hüküm sürerken dinlenmeye pek vakitleri olmaz. Bu sırada, Misako ve Usta Wu, Clutch Powers tarafından yönetilen bir keşif gezisinde ortadan kaybolur. Tehlikede olan birçok şey varken ninjalar, Fırtınalar, canavarlar, kıyamet ve çok daha fazlasıyla dolu keşfedilmemiş bir adaya kurtarma görevine çıkarlar.
Ninjalar, Misako ve Usta Wu'nun, Clutch Powers tarafından yönetilen bir keşif gezisinde Fırtına Kuşağı'ndaki keşfedilmemiş bir adada kaybolduğunu öğrenir ve kurtarma görevine çıkarlar.
Zorlu bir yolculuğun ardından ninjalar adaya ulaşır. Ancak taştan bir heykel tarafından pusuya düşürülürler. Lloyd kaçmayı başarır, ancak diğer ninjalar Tılsımın Koruyucuları adındaki bir kabile tarafından yakalanır.
Ninjalar, koruyucular tarafından yakalanır ve tutsak olan Misako, Usta Wu ve Clutch Powers ile karşılaşırlar. Bu sırada Jay, koruyucuların şefi tarafından bilinmeyen bir yere götürülür. Öte yandan Lloyd, arkadaşlarını kurtarmak için harekete geçer ve Jay'in büyük bir tehlikede olduğunu fark eder.
Jay, adayı rahatsız eden deniz yılanı Wojira'yı yatıştırmak için koruyucular tarafından kurban edilmek üzereyken, diğer ninjalar adada işlerin göründüğü gibi olmadığından şüphelenmeye başlar. Gerçek düşmanın planları gün yüzüne çıkarken, ninjalar son bir mücadeleye hazırlanır.