İkinci sezon, ninjaların yılanlarla savaşının hemen ardından başlıyor. Büyük Yok Edici'yi yendikten sonra Lord Garmadon, altın silahlarla birlikte kaçmıştır. Artık ninjalara karşı komplo kurmakta ve yılanların başına geçerek şehri ele geçirmek için şeytani planlarını harekete geçirmektedir. Kalan yılanları emri altında toplayan Lord Garmadon, silahların doğduğu yer olan Altın Doruklar'da dört silahı birleştirir ve onları daha da güçlü bir Mega Silah haline getirir.
Ninjago'yu tekrar inşa etme çalışmaları başlar. Tam bu sırada ninjalar, kayıp Altın Silahlarının Lord Garmadon tarafından bir mega silaha dönüştürüldüğünü fark eder.
Garmadon’un yanlışlıkla dirilttiği acımasız Kaptan Soto ile korsanları Ninjago Şehrini yağmalamaya başladığında onları durdurma görevi ninjalara düşer.
Lloyd'un eski okulu Darkley Yatılı Okuluna davet edilen ninjalar, bunun Lord Garmadon ve onun kötü kalpli kopya ninjaları tarafından kurulan bir tuzak olduğunu fark eder.
Dareth'ın dojosunun yıkılacağını öğrenen ninjalar, dojoyu kurtarmalarına yardımcı olacak para ödülünü kazanmak için Ninja Topu yarışına katılırlar.
Ninjalar, Garmadon'un fosilleşmiş bir canavarı diriltmek için Mega Silahı kullanmasını engellemeye çalışırken çocuğa dönüşür ve Lloyd'un yardımına ihtiyaç duyar.
Garmadon geçmişi değiştirip gelecekteki ninjalardan kurtulmak için zamanda yolculuk yaptığında ninjalar da onu takip eder ve Altın Silahları kullanmasını engeller.
Garmadon, içinde karanlık güçler barındırdığı söylenen efsanevi Karanlık Ada'yı bulmaya çalışırken, ninjalar Büyük Yok Edici'nin zehri tarafından yeniden canlandırılan, müzedeki Taş Savaşçısıyla mücadele eder.
Ninjalar, Büyük Yok Edici'nin zehri tarafından diriltilen Taş Savaşçısı Ordusu'ndan kaçmaya çalışır. Garmadon, ordunun kontrolünü ele geçirmeye çalışır.
Ninjalar, Lloyd, Sensei Wu ve Mikaso, ninjaların içlerindeki gücü geri kazanmalarını sağlayabilecek Işık Tapınağı'nı bulmak için Karanlık Ada'ya gider.
Ninjalar, Taş Ordusu'yla savaştıktan sonra Işık Tapınağı'na ulaşır ve saf güçlerine kavuşarak bunları Lloyd'un üzerinde yoğunlaştırır.
Ninjalar, Lloyd ile babası arasındaki nihai savaşı önlemek için, Garmadon'a ait olan Karanlığın Miğferi'ni tekrar İlahi Saat'teki yerine takmaya çalışır.
Garmadon, Jamanakai Köyü'nü kötüye çevirmek için yeni süper silahı Garmatron'u kullandığında iyi ve kötü arasındaki dengeyi bozar ve bedeninin Derebeyi tarafından ele geçirilmesine yol açar.
Garmadon'un süper silahı tarafından kötüye çevrilen Ninjago'nun üstüne büyük bir karanlık çöker. Ancak ninjalar, ışığın karanlıktan daha güçlü olduğunu keşfeder.