İmparator Garmadon'un yenilgisinin ardından Ninjago Şehri kısa süreliğine huzura kavuşur. Ancak bu huzur, Garmadon'un uyarısıyla gelen Oni istilasıyla bozulur. Karanlık bir güç, kıyametin habercisi olarak Ninjago'ya saldırırken, ninjalar bir kez daha harekete geçmek zorundadır. Umutlar tükenmek üzereyken ninjalar ve Garmadon, bu korkunç düşmanı durdurmak için birlikte mücadele etmek zorundadır.
Ninjago Şehri yeniden huzura kavuşmuşken Faith, Onilerin geri döndüğünü ve diyarları teker teker yok ettiğini söyler. Ninjalar Oni istilasına karşı hazırlık yapmak zorundadır. Bu sırada Lloyd, bu düşmanı yenmek için başka bir düşmanın yardımına ihtiyaç olabileceğini düşünür.
Garmadon'u Kryptarium Hapishanesi'nden çıkaran ninjalar, başta Lloyd olmak üzere şüpheler içindedir. Garmadon ve Lloyd, Oni'nin istilasını durdurmak için karanlık bulutun içine yolculuk ederler.
Ninjago Şehri'ndeki Oniler kimsenin hayal edemeyeceği kadar güçlüdür ve ninjalar, Lloyd ve Garmadon'u kurtarmak için tehlikeli bir risk almak zorundadır. Hala küçük bir umut olsa da, ninjalardan birisi korkunç bir bedel ödeyecektir.
Ninjalar, manastıra dönerek onilere karşı son bir direniş için güçlerini birleştirmeye hazırlanır.Bu esnada Lloyd’un aklına güçlü bir Yaratılış Kasırgası oluşturma fikri gelir. Garmadon da dahil herkes kasırgayı yaratmak için bir araya gelir. Fakat sonucun ne olacağını kimse bilmez...